Obras importantes en su gobierno

• El 7 de octubre de 1831, el Congreso decreto la anexión del Departamento del Cauca.
• Incorporó las islas Galápagos el 12/02/1832
• Se firmó el tratado de Pando-Noboa con el Perú
• Se firmó el tratado de Pasto con Colombia

Los restos mortales del General Flores, conjuntamente con los de su esposa, Mercedes Jijón y Vivanco se encuentran en la Catedral Metropolitana de Quito. En su mausoleo de mármol se lee la siguiente inscripción puesta por el presidente García Moreno: Al padre de la Patria, el pueblo agradecido.
En la Catedral también se guardan los restos del Mariscal Antonio José de Sucre, el presidente Gabriel Garcia Moreno y el Arzobispo de Quito Federico Gonzalez Suarez